Oberstes Gremium der Neukirchener Mission ist die Mitgliederversammlung, die einmal jährlich stattfindet. Sie wählt die Mitglieder des Vorstands der Neukirchener Mission.

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Der Vorstand besteht derzeit aus acht gewählten Mitgliedern, dem Missionsleiter, dem Verwaltungsleiter und dem Vertreter der Mitarbeiter. Er trifft sich etwa sechsmal pro Jahr.
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Die Missionsleitung der Neukirchener Mission besteht aus dem Vorsitzenden der Mission, dem Missionsleiter und dem Verwaltungsleiter.
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Vorsitzender ist Hartmut Pöpke, Missionsleiter ist Siegfried Schnabel, Verwaltungsleiter ist Andreas Hartig.  

Öffentlichkeitsreferenten sind Irmhild Döpp (Koordination der Reisedienste, Bearbeitung des Missionsboten), Sylvia Maurer (Kinderarbeit, Flyer), Thomas Maurer (Reisedienst, Webseite, Kurzzeiteinsätze).